Utrecht

Braafheid bắt đầu sự nghiệp cầu thủ trong màu áo FC Utrecht vào năm 2003 và có 81 lần ra sân cho đội bóng.

FC Twente

Vào ngày 10 tháng 2 năm 2007, Braafheid chơi trận đầu tiên ở Eredivisie cho FC Twente trong trận gặp Feyenoord Rotterdam. Hợp đồng lúc đó của anh với đội bóng có thời hạn tới năm 2010.

Braafheid tới Twente the dạng chuyển nhượng tự do sau khi hợp đồng của anh với Utrecht hết hạn; anh là một hậu vệ trái tài năng, song Braafheid lại gây ấn tượng với các fan và đồng nghiệp khi chơi cho Twente nhờ sức khoẻ, do vậy anh chơi ở vị trí trung vệ thay vì vị trí trước đây của anh. Anh chiếm chỗ của trung vệ tài năng Ramon Zomer trong đội hình. Cựu huấn luyện viên Twente Fred Rutten nhờ vào đó đã chuyển Braafheid từ một hậu vệ cánh tài năng thành một cầu thủ gây ấn tượng ở vị trí trung vệ, mặc dù anh có chiều cao hạn chế.

Bayern Munich

Braafheid gia nhập Bayern Munich ở mùa giải 2009-10 sau khi đội bóng Đức và Twente chấp nhận mức phí 2,5 triệu euro vào ngày 11 tháng 6 năm 2009.Tuy nhiên, anh không chiếm được vị trí chắc chắn trong đội hình ở giai đoạn đầu mùa giải, do vậy anh mong muốn có cơ hội được ra đi để có vị trí trong đội hình đội tuyển bóng đá quốc gia Hà Lan dự World Cup 2010.

Celtic

Braafheid được đội bóng Scotland Celtic ký hợp đồng theo dạng cho mượn ở mùa giải 2009-10 vào ngày 1 tháng 2.

Braafheid có trận ra mắt trong màu áo Celtic vào ngày 7 tháng 1 năm 2010 trong chiến thắng 4-2 trước Dunfermline Athletic ở Cúp quốc gia Scotland. Anh không thể tạo ấn tượng, và chơi trong nhiều trận hoà và thua trong loạt những trận đấu bị chỉ trích nặng nề của Celtic. Anh cuối cùng bị loại ra khỏi đội hình chính sau khi Tony Mowbray bị sa thải vào ngày 25 tháng 3 năm 2010.